便利に使用させていただいております。

KittyやLINE、weztermなど一部のアプリケーションでは、入力モードを切りかえる際入力に用いていたLキーやQキーの文字がそのまま入力されてしまうことがあります。

参考までに、AquaSKKだと空文字挿入などを行うことで対応しているようです。
https://github.com/codefirst/aquaskk/wiki/Workaround